Le bassin versant de la rivière Niagarette traverse le milieu agricole sur plus de la moitié de sa superficie. Malheureusement, les activités agricoles sont souvent une cause importante de la dégradation des cours d'eau. La forte concentration des bovins le long des rives entraîne le rejet direct de fumier dans les cours d'eau et un apport de sédiments par le piétinement des berges. De plus, le milieu agricole est souvent dépourvu de bandes riveraines. En plus de stabiliser les berges et d'en limiter l'érosion, celles-ci offrent des aires de reproduction, d'abris et de nourriture pour de nombreuses espèces fauniques, tout en constituant un filtre pour les sédiments, les fertilisants et les pesticides provenant des terres agricoles avoisinantes.
Les résultats préliminaires du suivi de la qualité de l'eau de la rivière Niagarette démontraient bien la gravité de la situation, notamment au niveau des coliformes fécaux, du phosphore et de la chlorophylle a. L'omble de fontaine, une espèce très sensible à la pollution, était ainsi confiné dans le secteur en amont du bassin versant, en milieu forestier, où l’eau est de meilleure qualité. Ce projet eu donc pour mission de restaurer les deux tronçons de la rivière Niagarette, soit des travaux sur 22 km de rives.